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Cidade tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional desde 23 de janeiro de 1967, tendo sido inscrita no livro de tombo arqueológico, etnográfico e paisagístico, enquanto que em nível estadual já havia sido elevada a categoria de Cidade Histórica pelo Decreto-lei nº. 94 de 22 de junho de 1938, do Governador-Interventor Eronildes Ferreira de Carvalho.

 Praça São Francisco

Os principais edifícios históricos do centro de São Cristóvão, a cidade alta, possuem acautelamento governamental, ou seja, tombamento. A Igreja e Convento de São Cruz, ou de São Francisco, e onde também funciona o Museu de Arte Sacra, é o primeiro monumento tombado no Estado de Sergipe pelo IPHAN em 1941. Depois temos a Igreja Matriz de Nossa Senhora das Vitórias, Igreja do Rosário dos Homens Pretos e o Conjunto Carmelita (que conta com a Igreja e Convento do Carmo, e a Igreja da Ordem Terceira que é mais conhecida como Igreja de Nosso Senhor dos Passos) em 1943. Ainda naquele ano são tombados os sobrados de Balcão Corrido da Praça da Matriz, o da Praça de São Francisco e o da Rua Messias Prado. Em 1944, a Igreja e Antiga Santa Casa de Misericórdia, que hoje é o Lar Imaculada Conceição. E em 1962, a Igreja do Amparo dos Homens Pardos.

Além dos monumentos tombados pelo IPHAN, é tombado pelo governo estadual o Museu do Estado por decreto de 2003, porém esse prédio pode ser considerado protegido pelo Estado conforme o texto do Decreto-lei nº. 94 de 1938.

O município ainda possui bens remanescentes de antigos engenhos que possuem valor cultural. Apenas duas capelas rurais de antigos engenhos em São Cristóvão possuem tombamento, a do Poxim (IPHAN em 1943) e a de Itaperoá (Governo Estadual, no início dos anos oitenta), próxima a Itaporanga d'Ajuda, esta última está completamente abandonada e em processo de arruinamento, ou seja, sério risco de desaparecer.

Antigo Palácio do Governo

Em 1 de Agosto de 2010 o Comitê do Patrimônio Mundial da UNESCO (Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura) anunciou, em Brasília, que a praça São Francisco, em São Cristóvão (SE), é o mais novo patrimônio cultural da humanidade. Com a decisão, anunciada pelo ministro da Cultura, Juca Ferreira, sobe para 18 o número de locais declarados patrimônio da humanidade no Brasil.